Bu yazıda Backward Oracle dizgi eşleme algoritmasını anlatmaya çalıştım. Anlattığım örnek klasik DNA dizilim örneği üzerinden olacak. Herhangi bir metin üzerinde arama yapmak baya uzun sürüyor. Lecroq’un linki

Arama yapacağımız dizilim: G C A T C G C A G A G A G T A T A C A G T A C G Arayacağımız dizilim: G C A G A G A G

Arayacağımız dizilim üzerinde bir ön işlem yapmamız gerekiyor. Bu ön işlemde dizilimin sonlarına ulaşmamız gerekiyor.

Başlangıcımız ve bitişimiz G karakteri ile olduğu için 0,7 ve 8 iki çerçeveli olarak belirtilmiş. Başlangıcımız 8 oluyor. 8den 7ye gidip bitme durumundan dolayı 7de iki çerçeveli olarak belirtiliyor. Daha sonra sona ulaşma durumlarının hepsi düşünülerek aşağıdaki şekil oluşturulmuş.

Eşleme yapacağımız dizilimin sonlarını oluşturduktan sonra eşleme yapma işlemine geçiyoruz.

Birinci adımda arama yaptığımız dizilimin ilk 8 karakteri:GCATCGCA (Aradığımız dizilim de 8 karakter olduğu için) sondan başlayarak ön işlemde arayacağımız dizilime uyguladığımız sonlara uygun olup olmadığı kontrol ediliyor. Burada görüldüğü gibi A-C-G arayacağımız dizilimde bir sonu gösteriyor(Yani aradığımızın başlangıcı olabilir). Eşleşme olmadı fakat o üç karakter çıkartılarak 8-3 = 5 karakter kaydırılarak devam edilir.

Burada ise önceki işlem tekrarlanır. Başlangıçtan sona aradığımız dizilimin bu olduğu anlaşılır. Daha sonra aynı dizilim üzerinde aramaya devam eder bunun için 8-1 = 7 kaydırma yapılır(Başlangıç ve son aynı olduğu için).